Flatpak fournit un environnement « bac à sable » (sandbox) sûr, isolé du reste du système, dans lequel les utilisateurs peuvent exécuter des applications non validées par les dépôts de la distribution. Les applications utilisent des appels de fonctions spécifiques fournies par Flatpak pour contrôler les périphériques matériels ou accéder aux fichiers de l'utilisateur, et Flatpak demande à l'utilisateur sa permission avant de donner accès. C'est aussi un conteneur des logiciels qui permet leur installation sur n'importe quelle distribution, les développeurs n'ont plus besoin d'emballer leur application pour chaque distribution GNU/Linux.

Elicthus fournit un outil d'installation des logiciels en flatpak (dans le centre de gestion). Il suffit d'aller sur le site du dépôt de Flatpak (lien est dans l'outil d'installation), de sélectionner le logiciel, de copier les lignes Install et Run dans l'outil d'installation et de patienter.

C'est un système d'installation des logiciels tiers particulièrement avantageux et sécuritaire, qui n'a qu'un seul poin faible : son site est en anglais.